Le Chiese Rupestri si trovano sul versante opposto dei Sassi e si osservano in tutta la loro imponenza da qualsiasi angolo degli stessi. Prima ancora di diventare vere e proprie Chiese erano con molta probabilità già luogo di culto in epoca preistorica. Tra le più belle c’è quella di Santa Maria de Idris: si trova su uno sperone roccioso nel Sasso Caveoso nei pressi della Chiesa di San Pietro. Si innalza imponente sulla piazza dominando tutta la valle. Chiesa di Santa Lucia alle Malve: è il primo luogo di culto femminile dell’ordine benedettino e risale all’VIII secolo. Al suo interno ci sono i dipinti murali più belli di tutta la zona.